組織内の「どこで起きているか」が重要
遺伝子発現解析では、どの遺伝子がどの程度発現しているかを調べることができます。
しかし、組織全体からRNAを抽出すると、その遺伝子が組織内のどの場所で発現していたかという情報が失われます。
がん研究、神経科学、炎症性疾患研究などでは、細胞の位置や周囲の組織構造が重要な意味を持つ場合があります。
こうした背景から、組織内の位置情報を生かした分子解析が注目されています。
空間トランスクリプトミクスとは？
空間トランスクリプトミクスは、組織内の位置情報と遺伝子発現情報を関連付ける解析技術の総称です。
専用のスライドやプローブを使用して、組織上の遺伝子発現分布を調べる方法などがあります。
一方、レーザーマイクロダイセクション（LCM）は、顕微鏡で観察した組織から、目的の細胞や領域を物理的に回収する技術です。
両者は同じ技術ではありませんが、組織内の位置情報を活用するという点で共通しています。
LCMと空間解析の違い
| 項目 | LCM | 空間トランスクリプトミクス |
|---|---|---|
| 主な目的 | 目的細胞・領域の選択的回収 | 遺伝子発現の空間分布解析 |
| 試料の扱い | 目的領域を物理的に回収 | 手法によって異なる |
| 下流解析 | RNA、DNA、タンパク質など | 主にRNA発現 |
| 位置情報 | 回収前の画像・領域情報と対応付け | 測定データに位置情報を対応付け |
LCMを利用した領域別RNA解析
LCMでは、組織切片上で目的領域を指定して回収できます。
例えば、がん組織の中心部と浸潤部、正常組織との境界などを別々に回収し、RNA-seqを行う研究が考えられます。
このように、領域ごとに分子解析を行うことで、組織構造と遺伝子発現の関係を調べられます。
ただし、LCMで回収した試料をRNA-seqで解析するだけでは、すべての細胞の位置を網羅的に解析する空間トランスクリプトミクスと同等にはなりません。
Accuva Cellectによる組織領域の回収
Accuva Cellectは、米国LAXCO社のIR・UVデュアルレーザーLCMシステムです。
IRレーザーは少数細胞の捕捉に、UVレーザーは組織領域の切断に利用できます。
組織内の特定領域を回収して分子解析につなげたい研究に適しています。
まとめ
空間トランスクリプトミクスとLCMは、組織内の位置情報を生かした研究に利用される技術ですが、測定原理や得られる情報は異なります。
LCMは、研究者が注目する細胞や組織領域を選択して回収し、RNA、DNA、タンパク質などの解析につなげられる点が特徴です。
Accuva Cellectは、こうした領域選択型の分子解析を支援するLCMシステムです。
組織領域別の遺伝子発現解析やLCM装置の導入については、株式会社インミディアムまでお問い合わせください。
製造元：LAXCO（米国）
日本国内取扱い：株式会社インミディアム
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