組織全体のRNA-seqでは何が分からないのか？
RNA-seqは、細胞や組織における遺伝子発現を網羅的に解析する技術です。
しかし、組織全体からRNAを抽出した場合、得られる遺伝子発現情報には複数の細胞集団の情報が混在します。
例えば、腫瘍組織では、がん細胞、免疫細胞、線維芽細胞などが異なる遺伝子発現パターンを示します。
組織全体のRNA-seqでは、特定の細胞集団で発現している遺伝子が、他の細胞集団の情報によって見えにくくなる可能性があります。
このような場合に役立つ試料調製技術が、レーザーマイクロダイセクション（LCM）です。
LCMで目的細胞を選択してからRNAを解析する
LCMは、顕微鏡で観察した組織から目的の細胞や領域を選択的に回収する技術です。
例えば、病理組織を観察しながら、がん細胞が集まる領域と周囲の間質領域を分けて回収できます。
それぞれの試料からRNAを抽出し、RNA-seqを実施することで、領域ごとの遺伝子発現の違いを調べる研究に利用できます。
また、組織の形態情報に基づいて回収するため、病理学的な特徴と遺伝子発現情報を関連付けやすい点も特徴です。
LCMとシングルセルRNA-seqの違い
LCMとシングルセルRNA-seqは、どちらも細胞集団の不均一性を調べる研究に利用できますが、得意とする情報が異なります。
シングルセルRNA-seqでは、多数の細胞を個別に解析し、細胞集団の分類や細胞状態の違いを調べることができます。
一方、LCMでは、組織を顕微鏡で観察しながら、特定の位置にある細胞や領域を選択して回収できます。
そのため、組織内の位置や形態学的特徴を重視した解析に適しています。
なお、LCMで回収した単一細胞をRNA-seqに利用する場合には、極微量RNAに対応したライブラリー調製法など、適切な下流解析系が必要です。
RNA-seqを成功させるためのポイント
LCMによるRNA-seqでは、以下の条件が重要になります。
・回収する細胞数と必要RNA量
・試料の保存・固定条件
・染色工程によるRNA品質への影響
・RNaseによる分解の防止
・RNA抽出方法
・ライブラリー調製方法
・回収対象領域の選択精度
特にFFPE組織では、RNAの断片化を考慮した解析系の選択が必要です。
Accuva Cellectによる細胞回収
米国LAXCO社のAccuva Cellectは、IRレーザーとUVレーザーを搭載したLCMシステムです。
単一細胞や少数細胞の回収に適したIR方式と、組織領域の精密切断に適したUV方式を使い分けられます。
また、回収前後の画像記録や、回収した細胞の確認機能を備えているため、目的とする細胞集団の回収を記録しながら実験を進められます。
まとめ
LCMとRNA-seqを組み合わせることで、組織の特定領域に由来する遺伝子発現情報を解析できます。
特に、がん研究、神経科学、病理学など、組織内の細胞集団の違いが重要な研究分野で有用です。
Accuva Cellectを用いた試料回収やRNA解析への応用については、株式会社インミディアムまでお問い合わせください。
製造元：LAXCO, Inc.（米国）
国内取扱い：株式会社インミディアム
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